省部共建生态恢复与生态系统管理国家重点实验室由国家科学技术部和吉林省人民政府共同建设，设有生物资源、草地生态、湿地生态、农田生态4个研究领域，分别由吉林农业大学、东北师范大学、中国科学院长春地理与农业生态研究所合作建设。本实验室主要承担生物资源研究领域建设任务，以药用植物和菌物资源生态及其可持续利用为研究特色，设有植物生理生态、植物分子生态、植物化学生态、菌物生态与多样性、生态环境测试分析等5个实验室。近年来，先后主持“973”国家重点基础研究、国家科技支撑计划、国家科技重大专项、国家重点研发计划、国家自然科学基金和吉林省科技发展计划等科研课题100余项，获国家自然科学二等奖1项、国家科技进步二等奖1项、吉林省科技进步一等奖6项、二等奖6项、三等奖2项。实验室支撑药用植物、菌类作物、生态学、中药学、野生动植物保护与利用等学科招收硕士、博士研究生，并承担本科生药用植物生态学、分子生物学、分子生药学课程及毕业论文和科技创新等教学任务。

主要研究方向：

药用植物次生代谢生理与分子生态机制：主要研究药用植物药效成分次生代谢过程、关键酶基因表达与生态因子变化的关系，以及基因表达调控的生理生态和分子生态机制，探索中药材质量形成过程及控制途径与技术。

药用植物种群生态与资源可持续利用：主要研究野生药用植物种群结构、增长模式、更新过程与能力、生态适宜性、最大持续产量及其野生抚育、仿生栽培技术，探索野生药用植物保护性开发利用途径。

药用植物根际土壤微生态与连作障碍修复：主要研究人参等药用植物栽培根际土壤理化性质及微生物群落结构与组成的动态变化，特别是人参连作障碍形成机制及其生态修复技术，探索参后地的再利用途径。

菌物多样性与食药用菌资源开发与利用：主要研究菌物的物种多样性、生境多样性、生态系统多样性及其编目，食药用菌栽培生态因子调控及其作物秸秆与畜禽粪便在食药用菌生产中的资源化高效利用技术等。